La potatura è l'operazione più importante per educare una pianta a bonsai. Consiste nell'eliminare germogli o rami per permettere all'albero di conservare una determinata forma. Quindi è una operazione da effettuare più volte, soprattutto nel momento vegetativo della pianta. I momenti migliori vanno dalla primavera all'autunno, poiché essendo la naturale circolazione della linfa verso l'alto, sono sempre i rami terminali che crescono di più e più in fretta. E' quindi opportuno, una volta all'anno o anche più spesso se ce n'è bisogno, spuntare decisamente ogni ramo dell'albero, riducendone tutte le proporzioni; la potatura di mantenimento va fatta con regolarità e senza aspettare che le crescite siano eccessive. Se ci sono rami inutili, troppo grossi o antiestetici, devono essere eliminati completamente. La circolazione della linfa migliorerà e si eviterà che il bonsai cresca in altezza. Questo è forse l'evento più importante per un bonsai.Possiamo dividere la potatura:

Con questo tipo d’intervento vogliamo eliminare i rami che per varie ragioni non rientrano nella forma che il bonsai assumerà in futuro. In genere viene fatta una sola volta, all’atto dell’impostazione della pianta. Dovranno essere sicuramente eliminati:

  • I rami che s’incrociano (in alternativa possiamo sempre correggerli con l’utilizzo del filo).
  • I rami che crescono alla base del tronco.
  • I rami che crescono insieme dallo stesso punto.
  • I rami che sono secchi o malformati.
  • Tutti i rami che risultano inutili alla struttura.

E’ bene proteggere il taglio con pasta cicatrizzante quando il diametro del ramo è maggiore di 2 mm. (andrà benissimo quella comunemente usata per gli innesti).

L’obiettivo è quello di mantenere la chioma della pianta entro il disegno del bonsai e infittirne la vegetazione. In genere si pota ogni nuovo rametto, riducendolo a due foglie, quando ne ha sviluppate quattro o cinque. E’ un’operazione che si effettua in prevalenza nel periodo primaverile-estivo. Con tale operazione è possibile inoltre fare una sorta di ripulitura della chioma facendo così penetrare più aria e luce.
 Un Bonsai non è mai finito, non rappresenta un opera statica, e la potatura rappresenta l'intervento più frequente e più decisivo. 

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