L'acqua serve a disciogliere i sali minerali presenti nel terreno, creando la soluzione circolante, e non ad apportarli, e a mantenere il giusto livello di umidità nel terreno. L'annaffiatura è una pratica, importante e da non sottovalutare, che solo con l'esperienza e l'osservazione può diventare una piacevole routine e non una preoccupazione. È importante ricordare che i bonsai devono essere innaffiati regolarmente infatti soffrono maggiormente l'irregolarità che una carenza o eccesso.

Nelle stagioni intermedie, primavera ed autunno, quando le temperature sono ormai troppo fredde o calde, si può annaffiare in ogni ora della giornata, a patto di ricordarsi che le piante sono organismi abitudinari. In inverno è bene annaffiare la mattina quanto prima possibile, per dar modo al terreno di arrivare alla notte, nel momento di minima temperatura, con la minor quantità d'acqua possibile, considerando che quest'ultima gela più facilmente della terra. Non si devono mai bagnare le piante durante il gelo; se è proprio indispensabile, l'innaffiatura dovrà essere fatta nella tarda mattinata, perché il terreno del vaso non sia gelato e l'albero non ne venga danneggiato. D'estate, o quando fa molto caldo in genere, sarebbe utile irrigare la sera tarda, non solo per una questione di temperatura del vaso, ma anche e soprattutto perché è solo durante la notte che la pianta, riaprendo gli stomi, chiusi durante il giorno per evitare la disidratazione, riattiva il processo di traspirazione e consente l'assorbimento dell'acqua da parte delle radici, che permette alle piante di fare quella provvista di umidità necessaria per passare senza danni le ore più calde del giorno successivo. Nel pieno dell'estate possono essere necessarie anche due innaffiature, al mattino presto e nella tarda serata.
L'acqua piovana è l'ideale per i bonsai, ma generalmente non è facile raccoglierne a sufficienza per bagnare tutti i propri alberi. L'acqua distillata è la cosa ideale; ma se non fosse facile reperirla nella quantità necessaria, quella di rubinetto può non essere dannosa a patto di usarla correttamente. Nel caso, bisogna avere a disposizione uno o più recipienti (tinozza, bacinella, annaffiatoio, ecc.) in grado di contenere l'acqua sufficiente ad annaffiare tutti i Bonsai, che andranno riempiti dopo aver annaffiato, in modo da far riposare l'acqua, tra un' annaffiatura e l'altra. Gli scopi sono: far evaporare il cloro, dannoso e notevolmente presente; portare l'acqua ad una temperatura simile a quella del terriccio, in modo di evitare shock termici in caso di emergenze fuori orario; arricchirla di ossigeno; far depositare una seppur minima parte di carbonato di calcio (calcare). Buona e sufficiente pratica è comunque non bagnare la chioma, quando si annaffia con acqua contenente calcare, soprattutto per le conifere.
E' questa una domanda alla quale non v'è risposta certa. Il turno (distanza in giorni tra una annaffiatura e l'altra) dipende da talmente tanti fattori (grandezza del vaso, specie, età, tipo di terreno, clima, esposizione, ubicazione, quantità di chioma presente, stato di salute, ecc.) che è impossibile stabilirlo a priori. La regola generale, tra l'altro molto semplice, e di annaffiare solo quando il terreno si mostra ben asciutto, in superficie; è bene arrivare sempre molto vicino al momento in cui la pianta comincia a mostrare i primi sintomi della mancanza. E' anche consigliabile talvolta, per le piante che lo fanno, arrivare al punto di vedere le punte dei germogli e le foglie che si abbassano, anche per sperimentare fino a che punto può arrivare ad essere asciutto il terreno. Per quei Bonsai che non mostrano la carenza d'acqua (conifere, ficus,ecc) molto utile al suddetto scopo è lasciare, se dovesse spuntar, un'infestante a foglia intera e larga (niente trifogli o graminacee) annaffiando quando lei abbassa le foglie. E' l'esperienza che si acquisisce con questo rituale che ci permette di imparare, fino al punto in cui saremo in grado di prevedere, prima ancora della visita, quali Bonsai saranno da annaffiare e quali no. "Se tu ami la tua pianta, sarà lei a dirti quando ha bisogno di acqua".
La maniera più corretta di annaffiare è dall'alto con una pioggia delicata. Questo non solo per una questione di mera imitazione, ma perché questo naturale passaggio dall'alto in basso, scatena una serie di meccanismi fisiologici nel terreno sciogliendo i sali minerali e portando via le tossine che le piante producono durante il processo di assimilazione, in assenza dei quali, seppur in modo non incisivo, viene a determinarsi un'alterazione. Sono proprio questi i difetti dell'annaffiatura per immersione, che d'altra parte ha anche due vantaggi: è sicuramente meno impegnativa, basta poggiare la pianta in una bacinella con l'acqua che non tracima dal bordo del vaso e tornare dopo 5 minuti, sicuri che la terra sia completamente bagnata e non si sia smosso il terreno, difatti è assolutamente consigliata nel primo mese di rinvaso. È un sistema che permette di bagnare con sicurezza tutto il substrato. Lo spruzzatore è una via di mezzo rispetto ai primi 2 sistemi, con il difetto di essere molto lento e di avere un'azione battente dannosa alla struttura di superficie.
Sintomi visibili: diversi a seconda del tipo di foglia; nella maggior parte dei casi queste si presentano accartocciate, si sbriciolano tra le dita e si decolorano. Il danno è forte se la foglia, pur accartocciata, rimane verde o tende lentamente al marrone e se rimane attaccata. Il danno è limitato se alcune foglie si ridistendono, se la decolorazione riguarda solo le foglie vecchie e tende al giallo, se le foglie decolorate cadono velocemente. La carenza d’acqua indebolisce il bonsai che diventa facile preda dei parassiti, sia animali (insetti) sia vegetali (funghi). Rimedi: appena ci si accorge del danno, immergere completamente nell'acqua il bonsai per un paio d'ore, per poi metterlo nel posto più umido e fresco che avete per alcuni giorni, passati i quali bisognerà asportare tutte le foglie e i rami che eventualmente fossero disseccati.
Sintomi visibili: deposito di calcare sul bordo del vaso, sulla superficie del terreno e sulla base del tronco, che tra l'altro rimane umida a lungo dopo l'innaffiatura; imbrunimento morbido (non si sbriciola tra le dita) dell'apice dei germogli e delle foglie, che talvolta si estende a macchie grandi e tonde sui bordi; decolorazione del lembo fogliare. Nello stadio finale i germogli e le foglie mostrano carenza d'acqua pur con il terreno bagnato ( a causa del marciume radicale). È più pericoloso della carenza: un bonsai innaffiato troppo, all’inizio vegeta rigogliosamente con foglie di un bel colore intenso, poi improvvisamente “passa a miglior vita” a causa del marciume che ha divorato tutto l’apparato radicale. Rimedi: di solito è sufficiente ridurre al minimo gli interventi di irrigazione, spostare la pianta nel posto più arieggiato e luminoso possibile e concimare con poco Azoto e molto Fosforo e Potassio. Se stimate che la situazione dell'apparato radicale sia molto compromessa, utile può essere un trattamento con un fungicida sistemico, specifico per la disinfezione del terreno.

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